Asrama merupakan lingkungan pendidikan karakter yang dirancang untuk membentuk pribadi mandiri, disiplin, dan memiliki ikatan ukhuwah yang kuat. Asrama putra Ma’had ‘Aqu-Lu eL-Muqoffa Al-Islamiy memiliki sistem sistem Kontrol & Bimbingan Terpusat. Santri masa belajar dan santri Zu’ama tinggal dalam satu gedung. Hal ini memungkinkan adanya pengawasan melekat, percontohan adab secara langsung, serta bimbingan intensif dari senior kepada junior.
Asrama dirancang terbatas untuk menjaga privasi dan kenyamanan, namun tetap mendorong interaksi sosial yang sehat. Dilengkapi tempat tidur, lemari, dan meja belajar mandiri untuk setiap santri. Tak kalah penting, sirkulasi udara yang optimal dan standar kebersihan rutin guna menjamin kesehatan fisik santri.
